הסוגייה האיראנית צפה שוב ושוב בדיוני תיק 4000 כיוון שחלק מהאייטמים תחת ה"היענות החריגה" כללו סיקור נאומו של נתניהו בזמנו בקונגרס נגד הסכם הגרעין עם איראן. בין היתר, עלה בכמה הזדמנויות האירוע החמור שבו למעשה ראשי מערכת הביטחון התנגדו להוראת נתניהו להיערך לתקיפה באיראן וראש המוסד מאיר דגן ז"ל אף הדליף את הכוונה זאת לאמריקאים מאחורי גבו של נתניהו. בסוף השבוע התראיין פרופ' עוזי ארד, זמן קצר לפני הפתיחה במלחמת "שאגת הארי" ואמר שמדובר היה ב"סירוב פקודה". דגן נשאל בעבר על האירוע ואמר: "אף פעם לא סירבנו פקודה של ראש הממשלה. יש לנו מערכת חוקית. לגייס שלוש דיביזיות זו החלטה של הממשלה. אם זה היה מתקבל בדרך חוקית, היינו מצייתים. גם הקבינט וגם ראש הממשלה צריכים לפעול לפי החוק. מה שהוא ביקש מאיתנו הוא משהו שצריך להיעשות בפורום אחר".